打“定位桩”
“集装箱”沉入海底后，将套在“定位桩”上。由于海底作业的时间较长，海上天气变幻多，如果不打“定位桩”，将会造成“沉井”移动，伤及古沉船。
第三步压“集装箱”
使用“静压法”，用水泥块将“集装箱”缓缓压入淤泥，罩住“南海一号”周身的区域。
第四步挖掉“集装箱”两侧淤泥
将“沉井”的两侧800平方米区域内的泥沙挖空，目的是为了在“集装箱”底侧加底，以保证“集装箱”能够完整地罩住并拖起“南海一号”及周身的淤泥。
第五步穿“底托梁”
从“集装箱”两侧穿引26根方形的钢梁，这些“底托梁”像一个巨大的笼子底部，作为整个“底托梁”的底托，将把“南海一号”及周身的淤泥整体密封“罩笼”，然后打捞上来。由于“底托梁”之间可能存在缝隙，有可能在打捞上来的过程中，泄露泥沙，继而造成古沉船船体破坏。因此，专家们在每根“底托梁”两侧安装了水囊，26根“底托梁”穿好之后，将水囊充水，把缝隙填满，以保证整个“集装箱”为一个密闭整体。
第六步将“集装箱”拖出海面
为了防止“集装箱”被拉出海面的一刹那产生的压力变化对古沉船造成损伤，专家在用钢丝绳起吊的同时，还特别启用了“全潜驳”。“全潜驳”将潜入“集装箱”底部，然后将“集装箱”慢慢顶出水面。
第七步将沉船“托航”至博物馆
“全潜驳”将“南海一号”顶出水面后，将慢慢航行到位于海滩的广东海上丝绸之路博物馆特别设置的“水晶宫”内。岸边将专门开凿一个渠道，供“全潜驳”托运至“水晶宫”旁。然后在岸边地面铺设气囊，将“集装箱”拖拉至“水晶宫”内。最后在“水晶宫”内添入海水。
“水晶宫”将是一个海水环境密闭式的玻璃墙展厅，如同一个巨型玻璃缸，水深12米，水质、温度及其环境都与沉船所在的海底位置一模一样，“南海一号”就将在这一稳定的环境内进行水下考古作业。未来，观众们只要步入水晶宫“舱体”两侧的水下参观廊，就能目睹“南海一号”水中考古作
