嘉庆十二年(1807)十二月，李长庚侦知蔡牵行踪，即与福建水师提督张见升合围蔡牵于南澳东南之黑水洋。蔡牵在数倍于己的清军围攻下，奋起抗击，船艇大部被毁，最后仅存三艇。当蔡牵坐艇后梢被李长庚坐船挂住，清副将印得方跃上艇时，蔡牵镇定指挥，迅即以尾炮击倒李长庚。水师各船见主帅身亡，顿时惊散。张见升“不战，遽引舟退，牵得以逸安南”(黄鸿寿。因此，张见升被逮往京城问罪。
嘉庆十四年八月十七日，凌晨，蔡牵义军们仍在大海的摇篮里酣睡，李长庚的旧部，福建水师提督王得禄、浙江水师提督邱良功奉朝庭命令，一同带领近百艘霆船，浩浩荡荡地出现在舟山海域上。清军舰队排列整齐，气势磅礴。水澳一战，官军惨败，这次清军是有备而来的，出发前两师皆对天发誓要为李长庚报仇，如不灭起义军，誓不为官。
当大军在接近义军船只时，海面上陡然异常的安静。这次朝廷捉拿“海皇帝”蔡牵是有备而来的。大军出海后，舟山海域的上空笼罩着一层灰茫茫的面纱，海面上一片寂静，无风无浪，然而宁静中却带着不祥。
突然，海面上响起了一阵战号，排列整齐有序的军船迅速分散开来，身穿灰甲的福建水师提督王得禄、浙江水师提督邱良功分率两省水师突然合击义军。义军首领蔡牵身着金甲，那在当时只有皇帝才能穿金甲上战场.。貌不惊人、出身贫困、自幼父母双亡的蔡牵本可以安分守己地当他的海盗，坐吃享用他那从贪官奸商手里掠夺来的财物，然而清政府日益腐败，一些奸商联合朝廷里的一些贪官用种手段来压迫百姓。于是，他毫不犹豫地率领那些流离失所的穷苦百姓起义反清，从一个穷困的渔夫到一个反清复明的义军首领，他要把清狗赶出汉人地盘，收回汉人河山。
是日，清军和义军双方激战于舟山外海，互有伤亡。但是义军惨败严重，两万多义军边拼命反击，边逃往黑水洋。
次日，蔡牵船队边战边走，傍午越过了黑水洋。
官军吸取前次战败的教训，深恐蔡牵走脱，采取“分船隔攻”的近战战术，将义军船队分别包围，使其无法互相应援，并集中围攻蔡牵携带家人的主坐艇。
一开战，起义军的船只就纷纷被官军炮火击中，伤亡惨重。
王成禄和邱良功的两艘官军霆船趁势认准蔡牵一家所在的战船，形成左右合围之势。
邱良功首先逼近蔡艇，两篷交结。蔡牵即以碇猛击邱船，并以矛刺伤其左髅。邱良功身伤船坏，王得禄继又冲上。
蔡艇弹丸用尽，遂以银元用炮子，击伤得禄额、腕。
王得禄遂令向艇上投掷火斗、火罐，并靠上蔡艇。蔡船尾楼着火、清军跃上艇。
此时，蔡牵的左臂已受重伤，绑着一块沾满血迹的破帆布；右手握着一杆打鱼用的大铁耙，指挥剩下的五、六个兵士与强行登船的官军决一死战。
