《左传》记载了这样一件事。一天晋侯得了重病，向秦国求援。秦国派出著名的医师医缓前去治病。医缓在路上时，晋侯做了一个梦。他梦见了二个附在他身体上的的鬼。二鬼知道医缓马上要到了，一用药自己就要死掉，遂商量如何逃脱。其中一个鬼说，只要我们居于膏之上，肓之下，他就没法对付我们了。另一个鬼问，为何居于膏之上和肓之下医缓就不能奈何我们？前面那个鬼说，因为我们居于膏之上和肓之下，医缓就没有办法用药，也不能用针灸。二鬼很开心，各居于商量好的地方。医缓到晋国后，诊断了晋侯病情，认为已病入膏肓，无药可救，他无能为力。医缓回国不久，晋侯就病重身亡。从这则故事中，我们可以看到，医药确有一些病是无法医治的，但要解释这种情况，只能借助于神灵鬼怪了，于是良医和巫术并存在这件事情中。
药物的采集本是十分常见的事情，但也被蒙上了巫术的色彩。《金匮要略》中说到治金疮的王不留行散，说是一定要八月八日才能采集，如果其他日子采了药效就不行了。一些阴阳属性明显的药物，采集的时是规定得更加莫名其妙地严格。如茱萸要九月九日重阳时采，艾一定要五月五日端午时摘。荆楚间人，每年五月五日采艾，做成人的形状，悬挂于门户之上，禳除毒气。也有的在这一天将艾做成老虎形状，有的仅如黑豆般大小。有的人剪纸成小老虎，上面粘上艾叶戴在头上，这样可以卫生逐疫。至于为什么非要在这一天，固然有民俗学上的涵义，但更主要的恐怕还是巫术的影响所致。
一些医家提出采集药物时要讲究仪式。如制造朱砂时，先要在静室内焚香斋沐，然后取出朱砂，再用香水沐浴。在这些巫术之下制造的朱砂，人们认为质量最高。合成治疗疹痘的药物时，有七七斋，即在房间内要待上四十九天。究其实，这种疫病很难治愈，使一些人在药物治疗不怎么有效的情况下想靠巫术来帮忙，求得神灵的眷顾。
唐宋以后，象数之学大行，医学上的巫术长行不衰。东汉后期诞生的《蛤蟆针经》谈到的“人神避忌”的方法就明显带有巫术内容。隋唐时的《黄帝蛤蟆经》，是一部十分流行的关于经络针灸的医书。他的第一卷就是蛤兔图，其后就是各种针灸的避忌法。如书中说新月的第一天，月中蛤蟆刚露出头和嘴时，人气行于足少阴的足心处，这天就不能针灸。乌立于日中时不可针灸，如果动针就会使人很容易癫狂。每天对应于玉兔和蛤蟆生出或隐去的人体相应部位的 穴位，是严禁用针的，否则一定会造成人体的伤害。像这样的人体和蛤蟆、玉兔相对应的理论，就是巫术在医学上的 表现。
