区的抗战进入了空前艰难困苦的阶段。
1941年8月，日军集中5万余兵力对晋察冀边区的北岳区和平西区进行扫荡，时间达两个月之久。11月，日军又以2万余兵力扫荡晋冀鲁豫边区的太行区。在北岳区，日军在平山东黄泥一带残杀无辜群众500余人；在阜平、龙华奸**女近千人；在涞源东杏花村残杀20余人，还将村长等人的脑浆取出煮所所谓的开脑汤，逼迫群众喝下；在曲阳野北用机枪扫射死100多人。日军在北岳区的这将扫荡，总计残杀4500余人，烧房15万余间，抢走或烧毁粮食5800万斤，抢走牲畜1万余头。
1942年，日军进一步推行治安强化运动，将冀南、冀东、冀中、晋冀豫地区作为重点扫荡地区，同时对其它抗日根据地进行蚕食和扫荡。在藁无，日军杀害150余人，其中有一人被用枪托砸破脑袋，浇上三瓢开水，然后砸成肉饼；在白洋淀有50多个妇女被**，其中50岁以上的七人，11岁至15岁的八人。在这次大扫荡中，日军共捕杀冀中群众5万余人，日军还在冀中区先后修筑碉堡1635个，修公路、沟墙4860公里，根据地被分割成2670小块。
日军在河南内黄县枣林村，用机枪屠杀男女老幼1300余人，并把一些尸体分别填入七八口水井，又倒入一米多厚的生石灰，全村人几乎被杀绝。对此，日军第35师团的士兵富田曾于1944年揭露说：当时在机枪的射击下，老头、老太太、孩子都纷纷倒地。过了15分钟，中队长命令把尸体抛到井里，连那些没有断气的也被抛到井里。中队长又下令把剩下的百余间房子烧尽。
此外，日军还加紧对晋西北、大青山地区、山东区的扫荡与蚕食，并在这些地区野蛮屠杀人民。
据统计，从1941年到1942年的两年内，日军对华北解放区出动千人以上的扫荡就达174次，较前两年增加了近一倍。
1943年，日军对华北解放区的进攻有增无减，对根据地人民的屠杀更加凶残。例如，1943年9月，日军对晋察冀边区北县区进行了三个月的秋季大扫荡，
